Во время прохождения вы зарабатываете игровые очки, количество которых определяет вариант получаемой концовки. Очки даются за полученные ранения (1 очко за каждый потерянный пункт здоровья) и за убитых монстров (по 10 очков за каждого монстра). Кроме того, если вы простите женщину в исповедальне, то на счёт будет добавлено сразу 1000 очков. От количества набранных очков зависит получение одной из двух основных концовок.
НОРМАЛЬНАЯ(Normal)
Требования: Необходимо набрать во время прохождения игры менее 4000 очков.
Описание: Стандартный вариант концовки, который получили подавляющее большинство игроков при первом прохождении. Расправившись с Богом, Хизер оплакивает своего отца, но, справившись с чувствами, встаёт и уходит из арены битвы. Нам показывают, как в последний момент она панически оглядывается и в глазах появляется удивление - но что произошло дальше, неизвестно. В следующем эпизоде Хизер уже возвращается к раненому Дугласу, который ждёт её на скамейке в парке. На его вопрос: "Всё действительно кончилось?", - Хизер отвечает: "Нет. Ты всё ещё жив" и с угрожающим видом приближается к нему с ножом. Детектив в шоке шепчет: "Хизер... Не надо...", но ничего делать не может. Хизер убирает нож и смеётся: "Просто шутка". Дуглас вздыхает с облегчением. В последующем разговоре Хизер просит Дугласа отныне звать её Шерил: "Имя, которое дал мне отец". Детектив спрашивает, собирается ли Хизер вернуть себе прежний цвет волос. Она смеётся: "Не знаю. Тебе не кажется, что быть блондинкой веселее?
Финальные титры: Нам показывают, как Хизер сидит у могилы отца, склонив голову. Солнце заливает кладбище ярким жёлтым цветом. Бегут титры на фоне песни "Hometown" из "Silent Hill 3 OST".
ОДЕРЖИМАЯ(Possessed)Требования: Необходимо набрать во время прохождения игры более 4000 очков.
Описание: Хизер всё так же побеждает Бога, оплакивает отца и оборачивается перед уходом. Следующий эпизод - крупным планом показывается, как с лезвия ножа срываются капли крови. Затем в кадре появляется Дуглас - он лежит на земле мёртвый, весь в крови. Над ним стоит Хизер, сжимающая в руке окровавленный нож. Её лица не видно - камера снимает Хизер со спины, постепенно удаляясь вверх. Сцена проходит в полном безмолвии.
Финальные титры: На фоне чёрного экрана бегут титры на фоне песни "Hometown" из "Silent Hill 3 OST".
МЕСТЬ(Revenge/UFO)Требования: Необходимо получить в результате предыдущих прохождений игры бонусное оружие Heather Beam/Sexy Beam. Затем, используя ТОЛЬКО эти оружия, нужно добраться до дома Хизер. Если убьёте хотя бы одного монстра другим оружием, концовка получена не будет. Когда Хизер войдёт к себе в квартиру, вместо ролика с мёртвым отцом начнётся концовка.
Описание: Шутливая концовка в духе "UFO" концовок из предыдущих частей. Концовка выполнена в виде мультфильма. Хизер заходит в дом и начинает говорить: "Папа, я дома. Послушай, происходит что-то ужасное...". Нам показывают Гарри Мейсона, который пьёт чай за столом, а рядом с ним восседает пришелец - тоже с чашкой. За занавеской окна прячется человек в зелёной куртке - Джеймс Сандерленд (James Sunderland), главный герой "Silent Hill 2", - но его, похоже, никто не замечает. Гарри говорит странным "инопланетным" голосом - он спрашивает Хизер, что случилось, и та, нисколько не смутившись необычной компанией и роботоподобным голосом отца, рассказывает всё. Гарри негодует: "Моя бедная маленькая Шерил... Я не могу в это поверить! Я еду в Сайлент Хилл, чтобы оторвать кое-кому голову!". Хизер радостно восклицает: "Папа, ты самый лучший!". В следующем кадре видно, как Гарри пинком каратиста ломает деревянную дощечку, которую держит в руке Джеймс. Заключительный эпизод: улицы Сайлент Хилла. Над городом нависает армада летающих тарелок, которые пускают лучи на город. Всё взрывается - теперь вместо домов одни развалины. НЛО удаляются от города и исчезают на небе.
Финальные титры: На фоне развалин Сайлент Хилла бегут титры на фоне песни, которая включена в "Silent Hill 3 Complete Soundtrack" от SenorKaffee под названием "Silent Hill Song". Песня на японском, стилизована под караоке и поётся хором разработчиков игры. В ней в комично-шизофреническом ключе рассказывается о персонажах "Silent Hill 3".